Wewnętrznymi komórkami organizacyjnymi Biura Edukacji są: Wydział Kadr Oświatowych i Spraw Organizacyjnych - BE-WKO; Wydział Kształcenia Specjalnego i Pomocy Psychologiczno-Pedagogicznej - BE-WKSP; Wydział Przedszkoli i Szkół Podstawowych – BE-WPSP; Wydział Szkół Ponadpodstawowych i Kształcenia Ustawicznego – BE-WSKU; Wydział Doskonalenia Nauczycieli, Projektów Edukacyjnych i Europejskich - BE-WDN; Wydział Edukacji Pozaszkolnej - BE-WEP; Wydział Finansów Oświaty - BE-WFO; Wydział Informacji Oświatowej - BE-WIO; Wydział Infrastruktury Oświaty - BE-WI; Wydział Oświaty Niepublicznej - BE-WON; Zespół Informatyzacji Oświaty - BE-ZIO; Samodzielne Wieloosobowe Stanowisko Pracy ds. Jakości Zarządzania Oświatą - BE-ZJ; Samodzielne Jednosobowe Stanowisko Pracy Radcy Prawnego - BE-ZP.