Wewnętrznymi komórkami organizacyjnymi Biura Edukacji są:
Wydział Kadr Oświatowych i Spraw Organizacyjnych - BE-WKO;
Wydział Kształcenia Specjalnego i Pomocy Psychologiczno-Pedagogicznej - BE-WKSP;
Wydział Przedszkoli i Szkół Podstawowych – BE-WPSP;
Wydział Szkół Ponadpodstawowych i Kształcenia Ustawicznego – BE-WSKU;
Wydział Doskonalenia Nauczycieli, Projektów Edukacyjnych i Europejskich - BE-WDN;
Wydział Edukacji Pozaszkolnej - BE-WEP;
Wydział Finansów Oświaty - BE-WFO;
Wydział Informacji Oświatowej - BE-WIO;
Wydział Infrastruktury Oświaty - BE-WI;
Wydział Oświaty Niepublicznej - BE-WON;
Zespół Informatyzacji Oświaty - BE-ZIO;
Samodzielne Wieloosobowe Stanowisko Pracy ds. Jakości Zarządzania Oświatą - BE-ZJ;
Samodzielne Jednosobowe Stanowisko Pracy Radcy Prawnego - BE-ZP.